Già dal 1593 gli abitanti di Pieve di Teco presentarono una supplica al pontefice per l'istituzione di un convento di Cappuccini, avendo avuto modo di ascoltare i frati durante le prediche quaresimali.

Nel 1606 furono intrapresi i lavori di costruzione, con il concorso della popolazione locale.

Il 10 agosto 1606, infatti, alla presenza di Luca Fieschi vescovo di Albenga, ci fu la posa della prima pietra del nuovo edificio.

Il 17 luglio 1608 essendo ormai terminata la costruzione, la comunità di Pieve cedette ai Frati Cappuccini il nuovo convento e la nuova chiesa e si celebrò l'ingresso dei frati nel convento nel 1617.

In quell’anno Monsignor Vincenzo Landinelli vescovo di Albenga consacrò la chiesa dedicandola a San Francesco d'Assisi.

il 12 maggio 1625 Pieve subì il saccheggio da parte delle truppe franco-piemontesi e la chiesa e il convento furono devastati.

Nuovi saccheggi e violenze da parte delle truppe piemontesi si verificano nel 1672.

Nel primo decennio del 1700 si riscontrarono le prime lesioni dei muri della Chiesa e nel 1730 constatato il cedimento delle fondamenta, la chiesa venne abbattuta e riedificata ad eccezione del Sancta Sanctorum e del coro.

Nel 1740 venne alzata la volta della Chiesa di alcuni metri e realizzate le due cappelle una sacra a San Felice e l'altra all'Immacolata.

Nel 1754 padre Fedele da Ceriana fece costruire l'oratorio della Santissima Concezione e vicino al convento fu edificato un altro oratorio per i Terziari Francescani.

A seguito della soppressione napoleonica del 1810 i Cappuccini furono allontanati e il convento fu adibito a ospedale civile.

I frati vi fecero ritorno solo nel 1816 e intrapresero grandi lavori di restauro che si conclusero nel 1846.

Dopo la soppressione degli ordini religiosi votata dal Parlamento Italiano nel 1866 il convento fu affittato dal Comune ad alcuni sacerdoti, mentre i frati furono ospitati dal 1867 presso il signor Tomaso Carenzi.

Nel 1893 il Comune cedette il convento al senatore Borelli, in cambio di una somma di denaro per la costruzione di un nuovo ospedale, il quale ne permise l'uso ai frati.

Dopo il concordato con la Santa Sede del 1929 tutta la proprietà passò all'Ente provinciale dei Cappuccini di Genova.

Nel 1937 fu nuovamente ceduto alla Provincia dei Frati Minori Cappuccini.

Tra il 1969 e 1970 la chiesa venne completamente restaurata e da allora non sono più stati eseguiti restauri.

Dal 2024 è proprietà della Fondazione Manfredi Firmian che si occuperà dei restauri e della pubblica fruizione.